Al capdavant de la Secretaria General hi ha el secretari o la secretària general, que és nomenat i separat pel Ple. El secretaria o secretària general s'escull, a proposta del síndic o síndica major, d'entre persones que reuneixin la titulació exigida per la llei.

Les principals funcions del secretari o secretària general són:

• Assessorar i assistir els òrgans de la Sindicatura.

• Complir, en general, totes les funcions destinades a l'exercici adequat de les competències del Ple, de la Comissió de Govern i del síndic o síndica major en tot el que fa referència al règim interior de la Sindicatura.

• Assistir, amb veu però sense vot, a les sessions del Ple i de la Comissió de Govern.

• Redactar i distribuir l'ordre del dia del Ple d'acord amb les instruccions del síndic o síndica major.

• Redactar les actes de les sessions del Ple i de la Comissió de Govern i subscriure-les amb el vistiplau del síndic o síndica major una vegada han estat aprovades.

• Expedir les certificacions relatives a actes, acords i documents confiats a la seva custòdia.

• Custodiar el Registre General i la documentació de la Sindicatura.

• Exercir les altres funcions que, en matèria de personal i d'administració, li siguin delegades per qualsevol òrgan de la Sindicatura de Comptes.