Formada pel síndic o síndica major i dos síndics designats pel Ple. Les principals funcions que la llei encomana a la Comissió de Govern són:

• Acordar les modificacions pressupostàries, llevat dels suplements de crèdit i dels crèdits extraordinaris, i comunicar-les al Ple i al departament competent en matèria de finances.

• Acceptar les delegacions que li confiï el Tribunal de Comptes i distribuir-ne les tasques.

• Determinar el règim general de condicions de treball del personal de la Sindicatura en el marc de la normativa de règim interior de la institució.

• Exercir la potestat disciplinària del personal de la Sindicatura.

• Coordinar els serveis de suport de la Sindicatura per assegurar el bon govern i administració de la institució.

• Exercir les altres facultats que el Ple li delegui.