Les funcions del Consell General son:

• Acordar l'ampliació del Consorci amb noves entitats publiques o privades.
• Aprovar els pressupostos anuals d'ingressos i despeses, les bases d'execució del pressupost i la rendició de comptes.
• Proposar a les entitats consorciades la modificació dels Estatuts del Consorci.
• Aprovar, si s'escau, el reglament de regim interior.
• Aprovar les operacions de crèdit si tenen una durada superior a un any i si l'import acumulat dins de cada exercici econòmic supera el 15% dels recursos ordinaris del pressupost del Consorci, i les operacions de crèdit a curt termini quan l'import acumulat de les operacions vives superi el 15% dels recursos corrents en l'exercici anterior.
• Designar els membres de la Comissió Delegada.
• Ratificar el nomenament de la Presidència de la Comissió Delegada.
• Nomenar el director o directora, a proposta de la Comissió Delegada.
• Contractar obres, serveis i subministraments quan el seu import superi el 15% dels recursos ordinaris del pressupost i/o sigui d'una durada superior als 4 anys.
• Disposar i alienar els bens i els drets del Consorci i realitzar transaccions quan el valor superi el 15% dels recursos ordinaris del pressupost.
• Aprovar el contracte programa, a proposta de la Comissió Delegada.
• Aprovar la plantilla de personal, la relació dels llocs de treball i altres instruments de gestió i planificació i l'estructura organitzativa fins al nivell de direccions, a proposta de la Comissió Delegada.
• Crear delegacions o representacions en altres ciutats i designar les persones que les hagin de dirigir.
• Ratificar la incorporació de peces patrimonials destinades a incrementar el fons de la col·lecció del Museu i que hagi aprovat la Comissió Delegada.
• Aprovar la dissolució del Consorci.

Els acords del Consell General i de la Comissió Delegada s'adopten, per regla general, per majoria simple. En cas d'empat s'ha de repetir la votació, i si persisteix l'empat decideix la Presidència o qui la substitueixi. 

Es necessari el vot favorable de, com a mínim, la majoria dels representants presents de l'Administració de la Generalitat de Catalunya i l'Ajuntament de Barcelona per adoptar els acords següents, al Consell General:

• Proposar la modificació dels Estatuts. 
• Ampliar el Consorci a altres entitats i determinar el nombre de vocalies que els correspondran d'acord amb l'article 7.4. 
• Aprovar la dissolució del Consorci. 
• Crear delegacions o representacions en altres ciutats i designar les persones que les hagin de dirigir.
• Nomenar el director o directora. 
• Aprovar el contracte programa. 
• Contractar obres i serveis quan el seu import superi el 15% dels recursos ordinaris del pressupost. 
• Disposar i alienar els bens i els drets del Consorci i realitzar transaccions quan el valor superi el 15% dels recursos ordinaris del pressupost.

Presidència del Consell

També ho és del Consorci i correspon de manera rotatòria, per períodes de dos anys, a la persona titular del Departament de la Generalitat de Catalunya competent en matèria de cultura, i a l'alcalde o a l'alcaldessa de Barcelona. Qui no exerceixi les funcions de presidència, tindrà la condició de vicepresident o vicepresidenta durant aquest període.

Consell General

Integrat per fins a un màxim de catorze vocals, designats per les entitats consorciades, en un nombre proporcional a la contribució econòmica que facin. Cadascuna de les entitats consorciades, d'entre els seus vocals, en designarà, com a mínim, dues persones amb una trajectòria professional reconeguda al sector de les ciències naturals. 

Secretaria del Consell General

Amb veu però sense vot, correspon a la Secretaria del Consorci.

El director o directora i el o la gerent assisteixen a les reunions del Consell General amb veu però sense vot.