La Junta de Govern és l’òrgan de direcció del Consorci i està dotat de les competències i facultats més amplies per exercir aquesta funció. 

La Junta de Govern pot:

• Aprovar el reglament i les normes de règim interior del Consorci i dels seus òrgans, si cal.
• Aprovar anualment el programa d’actuació i pressupost, i la memòria i la liquidació del pressupost vençut.
• Aprovar la forma de gestió dels serveis. 
• Aprovar la plantilla de personal i les seves retribucions.
• Adquirir béns immobles, gravar o alinear béns mobles o immobles, i acceptar donacions, herències, dipòsits i comodats.
• Aprovar, a proposta de la direcció, l’adquisició de béns museístics.
• Aprovar les operacions d’endeutament d’acord amb el què estableix l’apartat 3 dels Estatuts del Consorci.
• Aprovar els contractes d’import superior al 5% del pressupost anual del Consorci, i els que comportin un compromís de despesa plurianual. 
• Aprovar els preus i taxes dels serveis i dels usos de béns del Consorci.
• Aprovar la incorporació dels patrons.
• Acceptar la incorporació de nous membres al Consorci.
• Modificar els Estatuts i dissoldre el Consorci, d’acord amb el que estableixen els articles 16 i 18 dels Estatuts de l’entitat.

La Junta de Govern està integrada pels membres següents:

• Presidència: la del Consorci.
• Vicepresidències: la del Consorci.
• Vocalies:
  • Dues en representació de l’Administració de la Generalitat de Catalunya, nomenades pel conseller o consellera de Cultura.
  • Una en representació de l’Ajuntament de Valls, nomenada per l’alcalde o alcaldessa.
  • Una en representació de la Diputació de Tarragona, nomenada pel seu president o presidenta. 
  • Una en representació de la Coordinadora de Colles Castelleres de Catalunya, nomenada pel seu president o presidenta.
• Secretaria, amb veu i sense vot: un funcionari o funcionària de qualsevol de les administracions consorciades, designat per la pròpia Junta de Govern.

Els Patrons del Museu poden assistir a les reunions de la Junta de Govern amb veu i sense vot. El director o directora del Museu pot assistir a les reunions amb veu i sense vot, sempre que hi sigui convocat per la presidència.

Cada membre té un vot i els acords, llevat els casos en què els Estatuts de l’entitat disposin una altra cosa, s’adopten per majoria simple dels vots emesos. En cas d’empat, decideix el vot de qualitat de la presidència.