Les funcions del Comitè Executiu són:
a) Elaborar l'avantprojecte del programa d'actuació.
b) Aprovar i fer el seguiment de les línies de treball fixades en el programa d'actuació, que inclou els principals objectius de l'Agència, els quals es fonamenten en la millora de l'eficàcia i l'eficiència en el funcionament, tant pel que fa al control tributari com a l'atenció ciutadana.
c) Proposar els programes de contractació i d'inversions.
d) Proposar mesures que afectin l'organització dels serveis centrals i territorials, i fer-ne el seguiment de l'execució.
e) Executar els acords de la Junta de Govern, llevat dels que corresponen al director.
f) Assessorar sobre els projectes i les decisions que determini el president, la Junta de Govern o el director.
g) Complir les que li delegui la Junta de Govern.
h) Complir les que li atribueixi el reglament de règim interior.
a) El president o presidenta, que és la persona titular de la direcció de l’Agència.
b) Els titulars dels òrgans de l'Agència, que es determinen reglamentàriament d'entre els que en formen l'estructura central i territorial.
c) Un secretari o secretària, que ha d’ésser el membre del Comitè o funcionari que determini el director, si bé en aquest darrer cas no té dret a vot.