La presidència de la Subcomissió s'exerceix de manera conjunta per dos presidents, un de la representació de l'Estat i un de la Generalitat, i poden delegar la seva representació en la persona que decideixin, amb rang, almenys, de director general o equivalent, per part de l'Administració de l'Estat, i de secretari general o equivalent, per part de la Generalitat.
La secretaria de la Subcomissió s'exerceix per dos secretaris, un de la representació de l'Estat i un de la Generalitat, i ambdós poden delegar la seva representació en la persona que decideixin, amb rang, almenys, de subdirector general o equivalent.
Les Normes d'organització i funcionament preveuen set membres permanents per part de la representació de l’Estat i set per part de la representació de la Generalitat, així com que aquests membres permanents puguin modificar-se per acord comunicat de qualsevol de les parts.