La Comissió és presidida per la persona titular del departament competent en matèria de transparència i govern obert, i està integrada, a més, per les persones titulars dels òrgans següents:
- Secretaria del Govern, que n'exerceix la vicepresidència primera.
- Secretaria de Transparència i Govern Obert, que n'exerceix la vicepresidència segona.
- Secretaries generals dels departaments de l'Administració de la Generalitat.
- Gabinet Jurídic de la Generalitat.
- Secretaria d'Administració i Funció Pública.
- Secretaria d'Economia.
- Direcció General de Coordinació Interdepartamental.
- Direcció General d'Atenció Ciutadana.
- Direcció General de Contractació Pública.
- Direcció General de Transparència, dades Obertes i Qualitat Democràtica.
- Direcció General de Dret i Entitats Jurídiques.
- Escola d'Administració Pública de Catalunya.
La secretaria de la Comissió Interdepartamental és exercida per una persona funcionària, que assisteix a les sessions amb veu però sense vot, la qual és designada per la persona que presideix la Comissió.