El Patronat és l'òrgan de govern i administració de la Fundació, la representa i gestiona, i assumeix totes les facultats i funcions necessàries per a la consecució dels fins fundacionals.
El Patronat és un òrgan col·legiat integrat pels patrons següents:
- L'Administració de la Generalitat de Catalunya, representa per la persona titular del departament competent en matèria de política territorial, que n'exercirà la Presidència
- El Servei Meteorològic de Catalunya, representat per la persona que designi el seu Consell d'Administració
- L'Institut Cartogràfic i Geològic de Catalunya, representat per la persona que designi el seu Consell Rector.
- Un patró designat per la persona titular del departament de l'Administració de la Generalitat Competent en matèria de medi ambient.
- Dos patrons designats per la persona titular del departament de l'Administració de la Generalitat de Catalunya competent en matèria de recerca.
- El Consejo Superior de Investigaciones Científicas, MP, representat per la persona que designi l'òrgan competent.
- La Diputació de Tarragona, representada per la persona que designi l'òrgan competent.
- L'Ajuntament de Roquetes, representat per la persona que designi l'òrgan competent.
- L'Agència Estatal de Meteorologia, representada pel seu/ per la seva president/a.