La Subdirecció General de Planificació Econòmica Universitària té les funcions següents:
a) Assistir la persona titular de la Direcció General en la planificació econòmica de les universitats catalanes i proposar l’assignació de recursos econòmics.
b) Coordinar l'elaboració, la gestió i el seguiment del pressupost de la Direcció General.
c) Planificar les inversions universitàries i, en particular, l'elaboració, anàlisi i seguiment del pla pluriennal d'inversions universitàries.
d) Fer la proposta i el seguiment de les mesures que correspongui adoptar per a la millora de l'eficiència en la utilització dels recursos públics per part de les universitats catalanes i en el rendiment de comptes.
e) Fer l’anàlisi dels resultats d’execució dels pressupostos de les universitats i proposar els indicadors d’avaluació corresponents.
f) Coordinar-se amb la Intervenció General de la Generalitat de Catalunya en relació amb les informacions de les universitats públiques sobre els seus estats financers i d’endeutament d’acord amb les normes reguladores del Sistema Europeu de Comptes.
g) Dissenyar els aspectes econòmics del contracte programa amb l'Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca en matèria de foment universitari, fer-ne el seguiment i avaluar-ne els resultats.
h) Fer la coordinació, el seguiment i el control de l'activitat i l'eficiència en la utilització dels recursos de les entitats participades per la Generalitat de Catalunya mitjançant la Direcció General.
i) Qualsevol altra funció de naturalesa anàloga que li sigui encomanada.
De la Subdirecció General de Planificació Econòmica Universitària en depenen:
a) El Servei de Gestió Pressupostària en l’Àmbit de les Universitats.
b) L’Àrea d’Anàlisi i Seguiment Pressupostari de les Universitat.