La Subdirecció General de Recerca té les funcions següents:
a) Assessorar la persona titular de la Direcció General, i donar-li suport, en la planificació, la coordinació i el desenvolupament en matèria de recerca.
b) Coordinar l'elaboració, la gestió i el seguiment de pressupost de la Direcció General.
c) Elaborar informes sobre l'execució de les actuacions de la Direcció General als centres de recerca i les institucions científiques.
d) Elaborar propostes de normativa en matèria de recerca científica i tecnològica.
e) Assistir la persona titular de la Direcció General en la promoció, el seguiment i la proposta d’assignació de recursos econòmics a les entitats i als centres de recerca.
f) Realitzar l'anàlisi i el disseny de polítiques públiques de recerca que siguin competència de la Direcció General de Recerca.
g) Dissenyar les directrius dels contractes programa que es realitzin amb les entitats i estructures de recerca, fer-ne el seguiment i avaluar-ne els resultats.
h) Qualsevol altra funció de naturalesa anàloga que li sigui encomanada.
De la Sub-direcció General de Recerca depenen:
a) El Servei d'Estructures de Recerca.
b) El Servei de Planificació i Gestió de la Recerca.