S'estructura en els òrgans següents:
a) Unipersonals: el president o presidenta, el vicepresident o vicepresidenta i el secretari o secretària general.
b) Col·legiats: la Conferència General i la Junta.
També s'organitza en comissions de caràcter permanent i en comissions de caràcter no permanent i en grups de treball i comissions específiques d'assessorament.
Les comissions de caràcter permanent són:
Comissió de Programació i Ordenació Acadèmica.
Comissió de Personal Acadèmic.
Comissió d'Accés i Afers Estudiantils.
Comissió Coordinadora de les Proves d'Accés a les Universitats de Catalunya.
Comissió de Política Lingüística.
Comissió de Recerca i Transferència de Coneixement.
Comissió General de Política Universitària.
Comissió de Relacions Internacionals
Comissió de Compromís Social i Comunitari
Les comissions de caràcter no permanent són:
Comissió de Gestió Universitària
Comissió d'Estudiants
Comissió de Dones i Ciència
Les funcions de suport als òrgans del Consell i de direcció de les oficines, les estructures i els serveis adscrits al Consell i les pròpies de les secretaries dels òrgans col.legiats estan atribuïdes a:
Secretaria General del Consell Interuniversitari de Catalunya