Correspon a la Junta del Consell Interuniversitari de Catalunya:
- Proposar al departament competent en matèria d'universitats els criteris per a elaborar la Programació universitària de Catalunya, un cop escoltada la Conferència General.
- Emetre informe de la proposta de Programació universitària de Catalunya i de les seves modificacions abans d'ésser aprovada pel departament competent en matèria d'universitats.
- Emetre informe de les propostes de creació o de reconeixement de les universitats públiques i privades, un cop consultada la Conferència General.
- Emetre informe de les propostes de places de nou accés dels centres docents universitaris propis de les universitats públiques i dels centres docents adscrits.
- Emetre informe de la proposta de preus públics acadèmics i de la resta de drets que estableixi la normativa vigent en relació amb els estudis conduents a l'obtenció dels títols universitaris oficials, i també de la política de beques, un cop escoltada la Conferència General.
- Conèixer els estudis de doctorat i altres estudis de postgrau i els programes d'extensió universitària, d'actualització i de formació continuada.
- Proposar mesures pertinents per a garantir la coordinació universitària, en especial pel que fa al règim d'admissió i de permanència dels estudiants i les convalidacions d'estudis.
- Articular mesures de foment de la flexibilitat dels plans d'estudis perquè s'adeqüin a les necessitats de l'exercici de la professió corresponent i de la societat catalana en general.
- Proposar mesures d'adaptabilitat dels plans d'estudis de les universitats als perfils professionals de la Unió Europea.
Conèixer i elaborar, si escau, propostes de coordinació de les bases de dades interuniversitàries.
- Elaborar propostes de racionalització dels serveis que presten les universitats públiques, especialment quant a l'intercanvi i la mobilitat de llurs recursos humans i la creació de serveis conjunts d'interès comú.
- Impulsar mesures de coordinació entre els ensenyaments universitaris i els ensenyaments de formació professional de grau superior i de règim especial equivalents als universitaris.
- Nomenar els representants de les universitats públiques catalanes en altres organismes, si aquesta representació comprèn més d'una universitat, seguint el criteri d'aconseguir una representació equilibrada dels diferents sectors de la comunitat universitària representats en el Consell Interuniversitari de Catalunya.
- Qualsevol altra funció que li sigui atribuïda per la normativa vigent.
Sens perjudici del que estableix l'article 116.2, el Consell Interuniversitari de Catalunya ha d'ésser informat de la programació de les universitats privades, als efectes de l'emissió de l'informe a què es refereix la lletra b de l'apartat 1. Les universitats privades han de posar en coneixement del departament competent en matèria d'universitats llur programació.